Os pinguins de Galápagos têm uma esperança de vida que varia de 15 a 20 anos, mas devido a factores ambientais e predação, a sua esperança de vida é reduzida. Estão listados na Lista Vermelha de Espécies Ameaçadas de Extinção da IUCN, e a partir de 2018 restam cerca de 1.200 pinguins maduros. É actualmente a espécie de pinguim mais rara (um estatuto frequentemente falsamente atribuído ao pinguim de olhos amarelos). Os níveis populacionais são influenciados pelos efeitos da Oscilação Sul do El Niño, que reduz a disponibilidade de cardumes de peixes, levando a uma baixa reprodução ou inanição. A população sofreu um declínio alarmante de cerca de 60% nos anos 80 e 90 devido aos acontecimentos do El Niño, mas está lentamente a recuperar.
Por causa do pequeno tamanho do pinguim de Galápagos, este tem muitos predadores. Na Ilha Isabela, os seres humanos podem estar a contribuir para o declínio desta espécie devido à introdução de gatos, cães e ratos que atacam os pinguins e destroem os seus ninhos. Outras ameaças em terra incluem caranguejos, cobras, ratos de arroz, falcões das Galápagos, e corujas de orelhas curtas. Enquanto na água, os predadores incluem tubarões, focas peludas e leões marinhos. Também enfrentam os perigos de recursos alimentares pouco fiáveis e de actividade vulcânica. A actividade de pesca ilegal pode interromper o ninho dos pinguins, e são frequentemente apanhados em redes de pesca por engano. Outros factores incluem poluição petrolífera, esgotamento dos stocks de peixe, e malária aviária.